De wankele wetenschap van Covid-19 leidt tot paniek – vrijdag

Deze blog Met ingesloten afbeeldingen ook beschikbaar als pdf op Dropbox.

Terwijl het aantal positieve tests voor SARS-Cov2, en tegelijkertijd het aantal sterfgevallen in de meeste Europese landen afneemt, worden er meer beperkingen op de grondrechten besproken. De gegeven oorzaak zijn virusmutaties, die zo gevaarlijk zijn vanwege hun hoge overdraagbaarheid dat een catastrofale derde golf van Covid-19 kan worden verwacht zonder drastische maatregelen. Ik zal dit proefschrift hier volgen. Er zijn twee redenen waarom ik me beperk tot de British Convert, ook bekend als B.1.1.7 (zo noem ik). Soms wordt het ook wel 20B / 501Y.V1 genoemd en vaak VOC-202012/01. Ik bespreek deze mutant omdat hij hier überhaupt mee te maken heeft Studeer daarDat gaat verder dan oncontroleerbare persberichten. Ze zijn zelfs Basisgegevens voor deze studie Openbaar beschikbaar (aangehaald als referentie 5 in de post). Bovendien is dit precies deze studie van Leung Et al. Het startpunt voor het opsommen van gevaarlijke mutanten.

Leung Et al. Het beweert dat B.1.1.7 een 75% hogere overdraagbaarheid heeft dan het vergelijkingsvirus en een betrouwbaarheidsinterval van 95% geeft van 70-80%. Later De studie is alleen beschikbaar als inleiding in print Van het London Institute geeft het 56% (50-74% betrouwbaarheidsinterval), hoewel het ruwweg betrekking heeft op dezelfde periode en dezelfde basisgegevens. De Ministerie van Volksgezondheid Geschat op 36% (23-40%), Deens Statins Serum Institute 36% (19-53%). De laatste schatting is afkomstig van de Belgische Universiteit in LeuvenZe is 11%. Vertrouwensperioden overlappen elkaar niet. Er klopt hier dus iets niet. Alle onderzoeken hebben één ding gemeen. Uit een toenemend aandeel van B.1.1.7 in het totaal aantal zaken volgt dat er een hogere mate van overdraagbaarheid is. Deze conclusie is niet toegestaan, zoals ik hieronder zal toelichten.

Bestudeer Leung Et al. Het gaat uit van een model Sommige auteurs hebben het in 2017 ontwikkeldOm de relatieve prevalentie van twee soorten influenzavirussen te beschrijven, is de ene resistent tegen een antiviraal middel en de andere niet. Het model gaat uit van beide stammen van het virus Tegelijkertijd Generalisatie (ik kom hier nog op terug), mechanisch gezien, dat ze met elkaar concurreren voor dezelfde geïnfecteerde individuen (“twee virussen competitief transmissiemodel”). De laatste veronderstelling is onaanvaardbaar voor Covid-19 in het VK van september tot December 2020. Het besmettingspercentage is gedurende de hele periode 14 dagen per 100.000 inwoners 1.200 niet overschreden. Het is daarom niet erg waarschijnlijk dat de infectieketens van de twee virusstammen in kwestie zijn gekruist, en het is vrij onwaarschijnlijk dat deze zeldzame ontmoetingen van infectieketens de overdracht van de stammen significant hebben beïnvloed.

Maar het belangrijkste is het daadwerkelijke resultaat – de toename van Deelnemen Mutant B.1.1.7 onder het totale aantal waargenomen gevallen – kan worden verklaard zonder een hogere overdraagbaarheid van de mutatie aan te nemen. Daarnaast introduceren In figuur 1 Numerieke realisatie is een eenvoudig gedachte-experiment. Aangenomen wordt dat twee virusstammen exact dezelfde overdraagbaarheid hebben en volledig aan dezelfde verspreidingsvoorwaarden voldoen, zodat de twee epidemiologische golven exact hetzelfde lijken te zijn. Het enige verschil is dat de mutatie zich later verspreidt. De golven hebben geen invloed op elkaar, wat een redelijke aanname is als minder dan 1,5% van de totale bevolking gewond raakt. Wat betreft de vorm van de golven, heb ik een eerder model van mij gebruikt dat de eerste Covid-19-golf in verschillende landen heeft aangepast. Qua kwaliteit is het resultaat niet afhankelijk van de vorm van de golf. Het aandeel mutaties dat later verschijnt, neemt gedurende een bepaalde periode zeer snel toe, waarna ze de overhand krijgen. Het moet te wijten zijn aan de voortplantingssnelheid tijdens de golf R Het neigt te vallen – en meer in de vorige golf. Dus het virus dat later verschijnt Schijnbaar De reproductiesnelheid is hoger, in feite is het alleen maar hoger op een bepaald moment.

Nu kun je veel gedachte-experimenten doen. De vraag is of het verband houdt met de werkelijkheid. Deze vraag kan worden beantwoord door te kijken naar referentie 5 uit de studie van Leung Et al. Kijken naar – Visualisatie van virusgenomen die in de loop van de tijd in Groot-Brittannië zijn ontdekt. De weergave van de boom rechtsboven (boom) is bijzonder duidelijk. De laatste golf die verscheen was golf B.1.1.7 (lichtgroen), terwijl daarvoor de andere met rood gemarkeerde golf dominant was.

Basisgegevens voor deze visualisatie zijn ook openbaar beschikbaar. Het eindigt echter op 17 december 2020 – Leung Et al. Ze dienden hun manuscripten in op 20 december. Het is een rijke reeks gegevens. Elke individuele genoomsequentie wordt genoteerd met de datum van analyse, de aanwezige virusvariant en de administratieve regio waaruit deze afkomstig is. In elk geval worden de mutaties vermeld die in de afzonderlijke varianten voorkomen. We zijn alleen geïnteresseerd in de pandemische tijdlijn en bestaande B.1.1.7-reeksen. Het algemene beeld dat er een normale vorm is en een “Britse boom” is niet correct – er spelen veel variabelen mee. Maar dit maakt verder niet uit.

Eerst zien we in het linkerdeel van Figuur 2Toon gegevens samengevat voor een week per keer, iets dat we al weten. Mutante golf B.1.1.7 begint veel later dan golf 2 in Groot-Brittannië. Aan de andere kant is het interessant dat het na de eerste klim enkele weken op een plateau blijft, wat door andere variabelen niet het geval was bij de tweede golf. Dit effect is het best te zien in het rechterdeel van de figuur. Het aantal gedetecteerde B.1.1.7-reeksen lijkt na 15 november weer af te nemen. In de figuur hiernaast wordt dit verdoezeld door één anomalie die optrad op 10 december (ongeveer 800 gevallen, terwijl er op de andere dagen niet meer dan 200 gevallen waren). Bijna alle gevallen op 10 december worden toegewezen aan één administratieve regio (SANG) en na 10 december zet het eerder waargenomen gedrag zich voort met een neiging tot achteruitgang.

Welk model Leung ook was Et al. De basisgegevens ondersteunen niet de conclusie die de auteurs hebben getrokken op basis van hun modelberekeningen (ik heb geverifieerd dat ik de gegevenspunten in de figuren 2 en 3 van hun studie van variant 2 kan reproduceren uit de basisgegevens die ik heb gebruikt). Als de B.1.1.7-mutatie zo gevaarlijk is, waarom is de golfvoortplanting dan zo vlak en vervaagt zo snel?

Deze bevinding bevat een belangrijke les die alle ontwerpers van Covid-19 moeten volgen, maar weinig te volgen. Voordat u gaat modelleren, moet u goed nadenken over wat de onderliggende gegevens eigenlijk zeggen zonder model. Na het modelleren moeten de conclusies die uit het model worden getrokken, worden geconfronteerd met de onderliggende gegevens. Dit geeft je een goede kans om te zien of je tijdens het modelleren een onterechte aanname hebt gedaan. Dit is hier duidelijk niet het geval.

Het is nu waar dat het zo is in Groot-Brittannië – zoals het was in ons voor Kerstmis Ierland, door Leopoldina geprezen als model Na Kerstmis is het aantal gevallen opnieuw sterk toegenomen. Helaas zijn gegevens over genoomsequentiebepaling voor deze periode (Honi soit qui mal y pense) niet gepubliceerd. The Irish Boom After Christmas Maar het kan zeker niet primair aan variant B.1.1.7 worden toegewezen Het heeft andere redenen. Het is mogelijk dat de oorzaken in Groot-Brittannië vergelijkbaar waren met die in Ierland. Overigens loopt het aantal positieve testen nu in beide landen weer snel terug.

Over het algemeen kan worden gesteld dat er geen betrouwbaar bewijs is om de aanname te ondersteunen dat de B.1.1.7-variant significant gevaarlijker is dan de andere virusvarianten van SARS-Cov2.